Arbol filogenetico del hombre

Ilustración del árbol filogenético de los ancestros humanos

El presente trabajo está dedicado a la memoria del profesor Albert Levan (8/3 1905-28/3 1998). Fue en su laboratorio del Instituto de Genética de Lund donde se determinó el número correcto de cromosomas del hombre, 2n = 46. Durante más de 40 años antes de esa demostración, la creencia reiterada era que el hombre tenía 48 cromosomas.

Hereditas 157, 51 (2020). https://doi.org/10.1186/s41065-020-00163-9Download citationShare this articleAnyone you share the following link with will be able to read this content:Get shareable linkSorry, a shareable link is not currently available for this article.Copy to clipboard

Clasificación filogenética humana

Para llenar este vacío, desarrollamos ggtree (Yu et al. 2017), un paquete para el lenguaje de programación R (R Core Team 2016) publicado bajo el proyecto Bioconductor (Gentleman et al. 2004). El ggtree está construido para trabajar con objetos treedata (ver capítulo 1 y capítulo 9), y mostrar gráficos de árboles con el paquete ggplot2 (Wickham 2016) que se basó en la gramática de los gráficos (Wilkinson et al. 2005).

El paquete ggtree (Yu et al. 2017) está diseñado para anotar árboles filogenéticos con sus datos asociados de diferentes tipos y de varias fuentes. Estos datos pueden provenir de usuarios o programas de análisis y pueden incluir tasas evolutivas, secuencias ancestrales, etc. que están asociadas con los taxones de las muestras reales, o con los nodos internos que representan cepas/especies ancestrales hipotéticas, o con las ramas del árbol que indican cursos de tiempo evolutivos (Wang et al. 2020). Por ejemplo, los datos podrían ser las posiciones geográficas de los virus de la gripe aviar muestreados (informados por las ubicaciones del estudio) y los nodos ancestrales (por inferencia filogeográfica) en el árbol de genes virales (Lam et al. 2012).

Árbol filogenético de humanos y chimpancés

Un árbol filogenético, también conocido como filogenia, es un diagrama que representa las líneas de descendencia evolutiva de diferentes especies, organismos o genes a partir de un ancestro común. Las filogenias son útiles para organizar el conocimiento de la diversidad biológica, para estructurar las clasificaciones y para proporcionar una visión de los acontecimientos que se produjeron durante la evolución. Además, dado que estos árboles muestran la descendencia de un ancestro común, y dado que muchas de las pruebas más sólidas de la evolución vienen en forma de ascendencia común, hay que entender las filogenias para poder apreciar plenamente las abrumadoras pruebas que apoyan la teoría de la evolución.

Los diagramas de árbol se han utilizado en la biología evolutiva desde la época de Charles Darwin. Por lo tanto, se podría suponer que, a estas alturas, la mayoría de los científicos se sentirían muy cómodos con el “pensamiento arbóreo”, es decir, con la lectura e interpretación de las filogenias. Sin embargo, resulta que el modelo arbóreo de la evolución es algo contraintuitivo y se malinterpreta con facilidad. Tal vez por ello, los biólogos sólo han llegado a desarrollar en las últimas décadas una comprensión rigurosa de los árboles filogenéticos. Esta comprensión permite a los investigadores actuales utilizar las filogenias para visualizar la evolución, organizar su conocimiento de la biodiversidad y estructurar y guiar la investigación evolutiva en curso.

Notas sobre el árbol filogenético

Para su comodidad, las secuencias descargadas previamente se incluyen en un archivo MAT. Tenga en cuenta que los datos de los repositorios públicos se curan y actualizan con frecuencia; por lo tanto, los resultados de este ejemplo pueden ser ligeramente diferentes cuando se utilizan secuencias actualizadas.load(‘primates.mat’)

Construir un árbol filogenético UPGMA usando métodos de distanciaCalcule las distancias entre pares usando la fórmula ‘Jukes-Cantor’ y el árbol filogenético con el método de distancia ‘UPGMA’. Como las secuencias no están prealineadas, seqpdist realiza un alineamiento por pares antes de calcular las distancias.distances = seqpdist(primates,’Método’,’Jukes-Cantor’,’Alfa’,’ADN’);

Construir un árbol filogenético de unión de vecinos utilizando métodos de distanciaEs importante considerar topologías de árbol alternativas cuando se analizan secuencias homólogas entre especies. Se puede construir un árbol de unión de vecinos utilizando la función seqneighjoin. Los árboles de unión de vecinos utilizan la distancia entre pares calculada anteriormente para construir el árbol. Este método realiza la agrupación utilizando el método de evolución mínima.NJtree = seqneighjoin(distances,’equivar’,primates)